O Anápolis foi fundado no dia 1º de maio de 1946, por um grupo de carroceiros. Inicialmente, adotou o nome de Operário Futebol Clube. A idéia era de criação de um time do "povão", para competir com outro já existente, a Anapolina, que era considerado o time da "elite".

O time foi crescendo ano após ano e, em 1947, conquistou o seu primeiro título estadual, quebrando um tabu. Pela primeira vez um time do interior ganhava o campeonato que não é reconhecido pela federação goiana de futebol. Em 1951 muda de nome e passa a ser o Anápolis Futebol Clube. Tudo isso porque o time que se chamava até então Anápolis mudara o seu nome para Anapolina. Mas a adoção do nome Anápolis F.C. não mudou o futebol de seus jogadores, que continuava a crescer a cada ano. Desta forma, ele conquistou o campeonato regional de 1954.

Na década de 1960, o Anápolis ja era bastante conhecido e tinha vários apelidos, dentre os quais Galo da Comarca, Tricolor da Manchester e Time dos Carroceiros. Grandes desportistas comandaram o clube, como João Bezze, Munir Calixto, Altino Teixeira de Moraes, Amim Gebrim, Osvaldo Cunha Soares, Ronaldo Jaime, Sebastião Richelieu da Costa e Fadel Skaff. Em 1961, conquistou o vice-campeonato do primeiro torneio octogonal e finalizou nessa data sua fase de amadorismo.

Em 1965, sagra-se campeão estadual pela segunda vez, vencendo o Vila Nova por 3 a 2 em uma virada histórica, no estádio Jonas Duarte. Nesse dia, recebendo público recorde, a torcida foi ao delírio quando o time entrou em campo, com: Dida; Sorriso, Nina, Osmar, Paraguaio e Áli; Genésio e Eudécio; Zezito, Nelson Parrila e Deca. No banco ficaram o goleiro Morais, Baiano, Wilson e outros craques. O técnico era Agnaldo Felisberto, o Caxambu. No ano seguinte disputou a Taça Brasil, sendo o primeiro clube do interior de Goiás a participar desta competição.

Títulos

Estaduais
	Competição	Títulos	Temporadas
	Campeonato Goiano	1	1965
	Campeonato Goiano da Segunda Divisão	2	1990 e 2012
	Copa Goiás	1	1967
	Torneio Início	1	1966
Municipais
	Competição	Títulos	Temporadas
	Taça Cidade de Anápolis	1	2011
	Campeonato Amador de Anápolis	3	1954, 1958 e 2002